继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：汤姆·希德勒斯顿 欧文·威尔逊 古古·姆巴塔-劳 索菲娅·迪·马蒂诺 乌米·马萨库 克里斯·海姆斯沃斯 埃里卡·科尔曼 塔拉·斯特朗 萨莎·莱恩 杰米·亚历山大 理查德·E·格兰特 杰克·维尔 道比·欧帕瑞 凯莱·弗莱明 乔纳森·梅杰斯 尤金·科德罗 Michelle Rose 艾伦·比尔纳 苏珊·加拉赫 德里克·罗素 本·范德梅 乔恩·科林·巴克利 朱万达斯·坎迪斯 凯特·贝兰特 乔希·法德姆 马莱丽·格雷迪 迈克尔·罗斯 Ilan Srulovicz Jesse Gavin 卢修斯·巴斯顿 丹尼尔·纽
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演员：马西娅·盖伊·哈登 波瑞斯·科乔 威廉·艾伦·扬 本·霍灵斯沃斯 吉莲·默瑞 路易斯·古兹曼 罗伯·劳 诺亚·格雷·卡比 艾米莉·泰拉 斯蒂文·卡普 罗伯特·罗农斯 朱莉·安·埃默里 梅兰妮·钱德拉 Harry Ford Nafessa Williams
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